微孔加工是十分重要的加工方式，分為傳統加工以及非傳統加工，所謂傳統加工，主要是指機械加工，是用工具對工件材料進行去屑操作，用鉆頭刀具將多余材料去除掉，比如常見的微型端銑刀就是此類刀具。

微型端銑刀可以對工件進行極精密的加工，不過這種加工方式有一個明顯的缺點，即不可能加工太深，畢竟微型端銑刀的長度有限。

機械加工的優點在于加工不限材料，任何材料都可以加工，缺點也是顯而易見的，很多材料過于堅硬，加工難度會很大，比方說那種鈦合金、高溫合金一類。

非傳統的加工方式有多種，如激光打孔、電火花打孔等，電火花打孔的優點是沒有加工應力，省心省力，缺點在于只能對金屬進行加工。電火花加工時，為了更方便排除碎屑，會在工具電極上預先留很多的小孔。還可以提高脈沖空載電壓，增加放電間隙。再一個方法是跟超聲振動進行復合作業，都能改善排屑的條件。

激光打孔應用得也很廣泛，激光打孔的優點是相干性很好，普通的激光器就能提供足夠的能量，輕松就能完成打孔操作。另外激光打孔速度很快，無論是軟材料還是硬材料，都不會影響加工效果。